Существенная разница в том, что в России христианство - локальный инструмент государства. Если завтра государство, например, сочтет РПЦ неэффективной для себя (по цене/качеству), оно цыкнет, РПЦ вполне себе заткнется и выполнит все, что ей прикажет власть, вплоть до замены патриарха на обер-генсека, как не раз уже бывало в истории России.

Ислам, наоброт, является интернационалом, подминающим под себя государства и к тому же не имеющим инстанции, способной на него цыкнуть.